การอภิปรายเกี่ยวกับจรรยาบรรณของการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดจากตัวอ่อนยังแบ่งนักวิทยาศาสตร์นักการเมืองและกลุ่มศาสนาออกไป อย่างไรก็ตามการพัฒนาที่มีแนวโน้มในด้านอื่น ๆ ของการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดอาจนำไปสู่การแก้ปัญหาที่หลีกเลี่ยงปัญหาด้านจริยธรรมเหล่านี้ การพัฒนาใหม่ ๆ เหล่านี้อาจช่วยให้การวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดได้รับการสนับสนุนจากผู้ที่ต่อต้านการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดจากตัวอ่อนเนื่องจากไม่จำเป็นต้องมีการทำลายของ phytocytests
การวิจัยล่าสุดพบว่ามีตัวเลือกมากมายนอกเหนือจากการทำงานกับเซลล์ต้นกำเนิดจากตัวอ่อน เซลล์ต้นกำเนิดสามารถรับได้จากเลือดจากสายสะดือหรือได้มาโดยการจัดการกับเซลล์ที่แตกต่างกัน (เช่นเซลล์ผิว) เพื่อกลับคืนสู่สถานะพหุพจน์ เหล่านี้เป็นทางเลือกที่อาจช่วยขยายการยอมรับการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2541 งานวิจัยที่ตีพิมพ์ครั้งแรกได้รายงานว่าเซลล์ต้นกำเนิดสามารถนำมาจากตัวอ่อนมนุษย์ได้ การวิจัยครั้งต่อ ๆ ไปนำไปสู่ความสามารถในการรักษาเซลล์ต้นกำเนิดที่ไม่แตกต่างกัน (pluripotent cells) และเทคนิคในการแยกความแตกต่างของเซลล์เหล่านี้ออกเป็นเซลล์เฉพาะเนื้อเยื่อและอวัยวะต่าง ๆ
การอภิปรายเกี่ยวกับจริยธรรมในการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดเริ่มขึ้นเกือบจะในทันทีในปีพ. ศ. 2542 แม้ว่าจะมีรายงานว่าเซลล์ต้นกำเนิดไม่สามารถเติบโตเป็นสิ่งมีชีวิตที่สมบูรณ์ได้
ในปี 2543-2544 รัฐบาลทั่วโลกกำลังเริ่มร่างข้อเสนอและแนวทางในการควบคุมการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดและการจัดการเนื้อเยื่อของตัวอ่อนและบรรลุนโยบายสากลเพื่อป้องกันไม่ให้ "สมอง - ท่อระบายน้ำ" (การอพยพของนักวิทยาศาสตร์ชั้นนำ ) ระหว่างประเทศCIHR (Canadian Institute of Health Sciences) ได้จัดทำรายชื่อคำแนะนำสำหรับการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดในปีพ. ศ. 2544 คณะบริหารคลินตันได้ร่างเกณฑ์สำหรับการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดในปีพ. ศ. 2543 แต่คลินตันออกจากสำนักงานก่อนที่จะได้รับการปล่อยตัว รัฐบาลบุชได้มีการจัดการกับปัญหานี้ตลอดการบริหารของเขา
ออสเตรเลีย, เยอรมัน, อังกฤษและประเทศอื่น ๆ ก็ได้กำหนดนโยบาย
Pros
ความตื่นเต้นเกี่ยวกับการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดเป็นหลักเนื่องจากผลประโยชน์ทางการแพทย์ในพื้นที่ของการปฏิรูปการแพทย์และการโคลนบำบัด เซลล์ต้นกำเนิดมีศักยภาพมากในการค้นหาวิธีรักษาและรักษาโรคที่หลากหลาย ได้แก่ โรคมะเร็งโรคเบาหวานการบาดเจ็บไขสันหลังอักเสบโรคสมองเสื่อม MS Huntington's Parkinson และอื่น ๆนักวิทยาศาสตร์สามารถเรียนรู้เกี่ยวกับการเจริญเติบโตและการพัฒนาเซลล์ของมนุษย์ได้จากการศึกษาเซลล์ต้นกำเนิด
การใช้เซลล์ต้นกำเนิดจากผู้ใหญ่จากเลือดเลือดจากสายสะดือผิวหนังและเนื้อเยื่ออื่น ๆ หรือที่เรียกว่า IPSCs ได้รับการพิสูจน์ว่ามีประสิทธิภาพในการรักษาโรคที่แตกต่างกันในสัตว์ เซลล์ต้นกำเนิดจากสายสะดือ (ที่ได้จากเลือดจากสายสะดือ) ยังถูกแยกออกและนำไปใช้ในการทดลองต่างๆอีกทางเลือกหนึ่งก็คือการใช้เซลล์ต้นกำเนิดแบบ uniparental แม้ว่าเซลล์เหล่านี้มีข้อบกพร่องหรือข้อบกพร่องบางอย่างเมื่อเทียบกับเซลล์ตัวอ่อน (มีอายุสั้น) มีศักยภาพมากหากมีการลงทุนเงินมากพอในการค้นคว้าข้อมูลเพิ่มเติมและไม่ถือว่าเป็นสิ่งมีชีวิตแต่ละประเภทโดยผู้สนับสนุนชีวิตจริง .
จุดด้อย
การใช้เซลล์ต้นกำเนิดตัวอ่อนในการวิจัยเกี่ยวข้องกับการทำลาย blastocysts ที่เกิดขึ้นจากไข่ของมนุษย์ที่ผ่านการเพาะเลี้ยงในห้องปฏิบัติการ สำหรับผู้ที่เชื่อว่าชีวิตเริ่มต้นตั้งแต่เริ่มคลอด blastocyst เป็นชีวิตมนุษย์และทำลายมันเป็นสิ่งที่ยอมรับไม่ได้และผิดศีลธรรม นี้ดูเหมือนจะเป็นปัญหาการถกเถียงเฉพาะที่ยืนอยู่ในทางของการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดในทวีปอเมริกาเหนือ ในช่วงฤดูร้อนของปี 2549 ประธานาธิบดีบุชได้ยืนหยัดในประเด็นเรื่องการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดและคัดค้านร่างพระราชบัญญัติที่วุฒิสภาได้อนุมัติให้ขยายการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดจากตัวอ่อนออกไป ขณะนี้การระดมทุนของรัฐบาลกลางสหรัฐฯสามารถไปที่การวิจัยเกี่ยวกับเซลล์ต้นกำเนิดจากตัวอ่อนที่มีอยู่แล้ว (ทำลายไปแล้ว) ในทำนองเดียวกันในแคนาดาเมื่อปี 2002 นักวิทยาศาสตร์ไม่สามารถสร้างหรือโคลนตัวอ่อนเพื่อการวิจัย แต่ต้องใช้ตัวอ่อนที่มีอยู่ถูกทิ้งโดยคู่สมรส
สหราชอาณาจักรอนุญาตให้ทำการโคลนนิ่งเซลล์ต้นกำเนิดจากตัวอ่อน
การใช้เซลล์ต้นกำเนิดจากแหล่งอื่นที่ไม่ใช่ตัวอ่อนได้รับความสนใจมากขึ้นในช่วงหลายปีที่ผ่านมาและได้รับการพิสูจน์แล้วว่าเป็นตัวเลือกที่ประสบความสำเร็จในการรักษาโรคบางชนิด ตัวอย่างเช่นเซลล์ต้นกำเนิดจากผู้ใหญ่สามารถใช้แทนเซลล์เม็ดเลือดสร้างเซลล์ที่ถูกฆ่าตายในระหว่างการรักษาด้วยเคมีบำบัดในผู้ป่วยที่ปลูกถ่ายไขกระดูก บริษัท เทคโนโลยีชีวภาพเช่น Revivicor และ ACT กำลังค้นคว้าเทคนิคในการทำซ้ำโปรแกรมเซลล์ใหม่ของเซลล์ผู้ใหญ่การใช้เทคนิคการสกัดของน้ำคร่ำหรือเซลล์ต้นกำเนิดที่ไม่ทำลายตัวอ่อนซึ่งเป็นตัวเลือกสำหรับการได้รับเซลล์ต้นกำเนิดที่มีชีวิตอยู่
จากความจำเป็นการค้นคว้าเกี่ยวกับทางเลือกเหล่านี้กำลังจับตาดูการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดตัวอ่อนและด้วยเงินทุนเพียงพอการแก้ปัญหาอื่น ๆ อาจเป็นที่ยอมรับของทุกคน
เมื่อวันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2552 ประธานาธิบดีโอบามาได้พลิกคว่ำการตัดสินของประธานาธิบดีบุชเพื่อให้เงินทุนสหรัฐจากรัฐบาลสหรัฐฯเข้าสู่การวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดตัวอ่อน อย่างไรก็ตามข้อบังคับนี้ใช้บังคับโดยต้องมีการปฏิบัติตามนโยบาย NIH ตามปกติในการแชร์ข้อมูล แม้จะมีความคืบหน้าในการทำวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดอื่น ๆ โดยใช้เซลล์ pluripotent จากแหล่งอื่นนักวิทยาศาสตร์ชาวอเมริกันหลายคนกำลังกดดันรัฐบาลให้มีส่วนร่วมและแข่งขันกับชาวยุโรป อย่างไรก็ตามหลายคนยังคงต่อต้านอย่างรุนแรง